Sebagai tambahan kepada langkah-langkah perlindungan individu dan kawalan alam sekitar pembawa, ensefalitis Jepun dapat dicegah melalui vaksinasi.
Vaksin Ixiaro, yang telah diluluskan oleh FDA (Pentadbiran Makanan dan Ubat- adik ) di Amerika Syarikat dan diberi kuasa oleh EMEA (Agensi Ubat-ubatan Eropah), ditadbir secara intramuskular di rantau deltoid (lengan atas), dalam 2 dos, yang disuntikkan 4 minggu selepas yang pertama. Untuk imunisasi aktif yang baik, kursus vaksinasi mesti diselesaikan sekurang-kurangnya satu minggu sebelum dapat dijangkiti dengan virus ensefalitis Jepun.
Vaksin ensefalitis Jepun disyorkan untuk pelancong yang tinggal di luar rumah untuk masa yang lama di kawasan endemik, semasa musim di mana jangkitan jangkitan kemungkinan besar; Walau bagaimanapun, ia tidak ditunjukkan untuk individu di bawah umur 18 tahun semasa mengandung dan semasa menyusu.
