Pada masa ini, vaksin atau ubat untuk profilaksis terhadap trypanosomiasis Afrika tidak tersedia. Oleh itu, langkah-langkah pencegahan adalah bertujuan meminimumkan hubungan dengan lalat tse-tse.
Pertama, kawasan yang dipenuhi harus dielakkan. Lalat tsetse kurang aktif pada waktu yang paling panas hari ini, tetapi boleh menyerang jika terganggu. Perlu diingat bahawa serangga ini tertarik untuk menggerakkan objek dan warna terang atau gelap; dia juga boleh menyengat dengan pakaian ringan. Oleh itu, adalah disyorkan untuk memakai baju dan seluar yang meliputi anggota badan sebanyak mungkin; khususnya, pakaian bahan tahan dan warna-warna neutral yang digabungkan dengan alam sekitar harus diutamakan. Penggunaan pengawet pada pakaian juga boleh digunakan. Swarm lalat tse-tse boleh mengikuti kenderaan yang bergerak, jadi lebih baik untuk menutup tingkap kereta untuk menghalang mereka daripada menyerang kabin.
Perjuangan menentang serangga vektor boleh dilakukan pada tahap alam sekitar dengan pemusnahan habitat untuk pembiakan semula, penggunaan racun serangga dan perangkap (lebih baik jika dilegregasikan dengan permethrin) di tempat perlindungan untuk lalat tse-tse (scrub savannah) dan tumbuh-tumbuhan di sepanjang aliran air) dan rawatan subjek parasit (sumber jangkitan untuk pembawa).
