Asal pasti virus Marburg masih belum diketahui. Pada masa ini, dipercayai bahawa penyakit yang bertanggungjawabnya boleh menjadi zoonosis, dikekalkan oleh satu atau lebih haiwan asli benua Afrika. Walau bagaimanapun, kajian yang dijalankan sehingga kini tidak memungkinkan untuk mengenal pasti takungan semulajadi penyakit ini, walaupun banyak vertebrata dan arthropod telah dianalisis.
Menurut Pertubuhan Kesihatan Sedunia, manusia bukan sebahagian daripada kitaran semulajadi virus, jadi penularan pada dasarnya akan datang dari hubungan biasa dengan primata yang dijangkiti. Malah, penghantaran melalui beberapa spesies monyet telah didokumenkan, mungkin bertindak sebagai "menguatkan tuan rumah" untuk virus Marburg. Selain itu, beberapa bukti menunjukkan bahawa primata juga boleh dijangkiti oleh pendedahan kepada kelelawar .
