Walaupun pada hari ini ia kelihatannya jelas, kerana orang beribu tahun telah mengabaikan fakta bahawa organisma mikroskopik menyebabkan penyakit tertentu.
Sehingga 1600, teori yang dipanggil spontan generasi dianggap sah, mengikut mana sesetengah organisma boleh secara spontan dijana daripada benda tidak hidup. Contoh klasik adalah larva, yang dipercayai dapat dihasilkan dari apa-apa dalam sekeping daging yang terurai.
Yang pertama membatalkan teori ini ialah Francesco Redi, doktor peribadi kepada Grand Duke of Tuscany. Redi meletakkan dua keping daging segar dalam dua bekas berasingan, meninggalkan yang pertama terbuka dan melindungi kedua dari lalat dengan retina. Selepas beberapa hari dia melihat bahawa hanya bekas terbuka merangkak dengan larva. Redi, oleh itu, menunjukkan bahawa larva tidak dihasilkan daripada apa-apa tetapi berasal dari telur yang diletakkan oleh lalat.
Kewujudan mikroorganisma mula bercakap hanya pada abad kelapan belas, berkat kajian Modenese Lazzaro Spallanzani, yang pertama kali diciptakan dan diperkenalkan dalam literatur perubatan istilah "kuman". Walau bagaimanapun, penemuan bakteria dikaitkan dengan Antony Leeuwenhoek (1632-1723), seorang saudagar tekstil dengan semangat untuk mikroskop.
Leeuwenhoek mengamati bagaimana, selepas menyikat giginya, "makhluk hidup" hadir di dalam simpanan tartar. Penemuan ini dimungkinkan oleh pengoptimuman mikroskop optik, yang mana Leeuwenhoek sendiri telah dibina, dan kemudiannya bertambah baik.
Munculnya mikroskop moden, bagaimanapun, membuka soalan baru mengenai teori generasi spontan. Dari pemerhatian pertama, pada hakikatnya, pendedahan mudah terhadap udara dari bahan organik menyebabkan masa yang singkat untuk perkembangan kuman di permukaannya.
Ahli biologi Perancis Louis Pasteur campur tangan untuk menafikan hipotesis generasi mikrob spontan. Pasteur merebus sebatian kaldu dalam botol kaca berleher panjang, dilengkapi dengan paruh berbentuk khas S untuk mengelakkan debu (dan bakteria) masuk. Pasteur mengamati bahawa, terima kasih kepada peranti ini, tidak ada bakteria yang dihasilkan dalam sup dan itu, oleh itu, kuman tidak dihasilkan secara spontan.
