Asal virus Ebola tidak diketahui, tetapi berdasarkan bukti yang ada, kelawar buah dianggap sebagai takungan semula jadi patogen.
Kelawar buah, lebih dikenali sebagai rubah terbang, adalah kelawar besar yang mendiami hutan sungai . Sekurang-kurangnya tiga spesies kelawar membawa virus yang sihat diketahui (Ebola tidak menimbulkan tanda-tanda di dalam haiwan ini): kelawar kepala tukul (Hypsignathus monstrosus), kelawar buah dari epaulet Franquet (Epomops franqueti) dan kelawar buah dari kerah (Myonycteris torquata).
Tetapi bagaimanakah jangkitan itu berlaku dari binatang ke manusia? Bagi rakyat Afrika, veteran perang saudara tahun, kelawar adalah sumber makanan. Bukan itu sahaja. Syarikat-syarikat Barat dan China memasuki hutan untuk penebangan hutan dan pencarian mineral telah meningkatkan amalan daging belukar, iaitu perdagangan dan pengambilan daging yang berasal dari haiwan liar. Oleh itu, orang makan antelop atau simpanse yang dijangkiti oleh kelawar ( tuan rumah pertengahan ), boleh mengendali virus Ebola dan menyebarkan jangkitan.
